اسناد دوره قاجاریه نشان می‌دهد که در آن زمان امور کشاورزی کشور ـ به تعبیر آن روزگار امور فلاحت و زراعت ممالک محروسه ـ توسط اداره خالصجات و دیوان خالصجات اداره می شده است. در دوران سلطنت مظفرالدین شاه وزارت خالصجات و رقبات دارالخلافه به‌وجود آمد. در کابینه‌های اول و دوم پس از استقرار مشروطیت، وزارت خالصجات و زراعت و فلاحت ایجاد شد و در سال۱۲۸۹ ه. قمری ( 1250 ه. شمسی) براساس گزارش میرزا حسین خان مشیرالدوله صدراعظم و تصویب ناصرالدین شاه، ۹ وزارتخانه از جمله تجارت و زراعت عهده‌دار انجام امور دولتی کشور تحت نظر صدراعظم شدند. بعدها وزارت فلاحت و تجارت و فوائد عامه ایجاد شد که در تشکیلات آن، اداره فلاحت و تجارت وجود داشت. در این دوران به تدریج به کسب درآمد بیشتر از بخش کشاورزی، افزایش تولیدات کشاورزی، آموزش و ترویج روش‌های نوین کشاورزی توجه شد. از جمله تأسیس «مدرسه فلاحت مظفری» در سال ۱۲۷۹ از رویدادهای آن زمان در این زمینه بود.
در شماره اول مجله فلاحت مظفری در خصوص نیاز به ایجاد تشکیلات کشاورزی در کشور چنین آمده است: « قرنی است در ممالک خارجه ملکه در تمام حکومت ها اداره بزرگ و وزارت رفیعی برای این عمل ]فلاحت و زراعت[ دائر کرده و فواید فزون از حد وقیاس برده اند که همه جا اسباب نیک بختی و فراغت گردیده و فی الحقیقه نباید فلاحت و زراعت که مؤید صنایع و سرچشمه یگانه برای توانگری و تجارت است مجهول بماند». (مجله فلاحت مظفری، ش 1، 1318 ه.ق.، ص4) از این رو پیشنهاد تشکیل اداره فلاحت و تأسیس مدارس آن توسط آصف الدوله و فخیم السلطنه تقدیم دولت درباری وقت می شود و نهایتاً لایحه تشکیل اداره فلاحت و مدارس آن از مجلس دربار رأی موافق می گیرد. بنابراین می توان تأسیس اداره فلاحت و احداث مدارس آن را نتیجه تلاش های حاج آصف الدوله و فخیم السلطنه و معاونت موسیو داشر که از فرنگ برای انتشار علم فلاحت احضار شده بود؛ دانست. بدین ترتیب اداره کل فلاحت به ریاست ]مهدی[ فخیم السلطنه روز یکشنبه بیست و دوم ماه ربیع الثانی 1318 ه.قمری مصادف با 27/5/1279 ه. شمسی و مدرسه فلاحت موسوم به « مدرسه فلاحت مظفری» با حضور جمعی از وزراء و رجال دولت وقت افتتاح گردید. (مجله فلاحت مظفری،ش1، 1318 ه. قمری، ص6)
آموزش های علمی و فنی کشاورزی در ایران از سال 1318 هجری قمری مصادف با 27/5/1279 خورشیدی که "مدرسه فلاحت مظفری " تأسیس شده بطور رسمی آغاز شد.این مدرسه همانگونه که از نامش پیداست در زمان مظفرالدین شاه قاجار و به دنبال کوشش های میرزا نصراله خان مشیر الدوله که عهده دار وزارت خارجه آن زمان بود در تهران بوجود آمد. محل مدرسه در تهران بصورت ساختمان کرایه و روستای بهشت خالصه واقع در بلوک غار فشافویه در جنوب تهران برای انجام عملیات کشاورزی به مدرسه مذکور واگذار گردید. موسیو داشر که از کشور بلژیک بعنوان مدیر فلاحت ایران در استخدام اداره کل فلاحت بود، به ریاست مدرسه فلاحت مظفری منصوب و به تدریس علوم فلاحتی پرداخت. موسیو داشر تا خاتمه دوره استخدام (سال 1325 ه.ق ، 1285 خورشیدی) به مدت شش سال در این مدرسه مشغول به خدمت بود.
در سال 1323 ه.قمری عمارت نگارستان از طرف دولت وقت برای مدرسه تعیین و عملیات زراعتی هم در باغ های نگارستان انجام می شد. در شماره دوم مجله فلاحت مظفری چاپ جمادی الاخری 1318 هجری قمری مطابق با 26 سپتامبر 1900 میلادی، خبر تاسیس مدرسه فلاحت به این شکل روایت شده است:
در نمره و شماره گذشته وعده داده بودیم که افتتاح رسمی اداره کل فلاحت و مدارس مبارکه شاهنشاهی و ابتدایی فلاحت و برای مسرت و خوشنودی اهالی غیرتمند و اطلاع مشترکین فخام در این نمره درج نمائیم.اینک ذیلا شرح می دهیم.روز یکشنبه بیست و دوم شهر ربیع الثانی دو ساعت به غروب مانده که روز فیروز و ساعتی میمون بود افتتاح رسمی اداره کل فلاحت و مدرسه شاهنشاهی فلاحت بمیمنت و سعادت بعمل آمد.درساعت مزبور جمعی از وزراء عظام و رجال دولت ابدفرجام در اداره کل فلاحت شرف حضور ارزانی داشتند از تأسیس این بنای مقدس فرحناک و خوشحال بودند قریب یک ساعت در فواید و نتایج چنان کاری که در معنی اسباب ترقی تجارت مملکت و بلندی مراتب دولت است صحبت و مذاکرات داشتند و پس از اظهار مسرّت و صرف شیرینی و عصرانه عموما تشریف فرمای مدرسه شاهنشاهی فلاحت گردیدند در آنجا چند نفر شاگرد حاضر شده بود جناب مستطاب اجل افخم اکرم حاجی آصف الدوله حکمران کل دارالخلافه و وزیر خالصجات نطقی غرّا و بیانی بلیغ در منافع این بناهای رفیعه و نتیجه تحصیل شاگردان فرمودند که بنای اینکار باتفاق آرا وزرا عظام و اولیای دولت ابد ارتسام بوده و در هر حقیقت برای هر مملکتی چنان اداره و چنین مدارس لازم و موجب نتایج حسنه است چون اولین شرط آبادی مملکت ترقی امور فلاحت است لهذا این اداره و این مدارس همیشه منظور نظر آفتاب اثر بندگان اعلیحضرت اقدس شاهنشاهی خلد الله سلطانه خواهد بود و بتوجهات و مراتبات خاصه صدارت جلیله عظمی و اتفاق و همراهی اولیا و رجال دولت روز برروز بالا رفته و ترقی خواهد کرد و مخصوصا شاگردانی که در مدارس شاهنشاهی و ابتدایی فلاحت تعلیم بشوند پس از اکمال تحصیل خودشان از طرف دولت و اداره کل فلاحت مامور اداره فلاحت ممالک محروسه و خالصجات دولتی شده و هریک دارای شرف و مقامی ارجمند خواهند گردید. بعد از آن مجلس مسکی الختام گردید ولی جناب مستطاب اجل وزیر علوم با جمعی از بزرگان و رجال تا غروب تشریف داشتند و با فخیم السلطنه رئیس و مدیر کل فلاحت در بعضی مراتب و ترتیبات مذاکرات همی فرمودند.
برای اداره کردن مدرسه یک نفر مهندس بلژیکی به نام «داشر» استخدام و به عنوان معلم و مدیر مدرسه مشغول به خدمت شد و مدت شش سال به کار خود ادامه داد (تا سال 1284 خورشیدی) در آن زمان "مدرسه فلاحت مظفری" یگانه واحد آموزش کشاورزی در ایران بود و« داشر» در آن علاوه بر مدیریت، تدریس نیز می کرد. داشر در مجله فلاحت دارای مقاله هایی در خصوص زراعت گیاهان است. در سال 1325 هجری قمری (در زمان فعالیت نخستین دورة مجلس شورای ملی ) دومین دوره قرارداد سه ساله «داشر» به پایان رسید و چون قرارداد تجدید مأموریت وی به تصویب نرسید به ناچار به کشور خود بلژیک بازگشت. دوره تحصیل در مدرسه فلاحت سه سال رایگان بود.دانش آموزان علاوه بر کسب دانش در علوم کشاورزی و رشته ها مختلف آن، زبان های فارسی, عربی، فرانسه ، حساب و جغرافیا را نیز یاد می گرفتند.در سال های اول و دوم، دانش آموزان به آموختن علوم نظری می پرداختند و در سه ماه تابستان و در طول سال سوم، بیشتر به کشاورزی عملی مشغول می شدند. این آموزشگاه یک دوره دانش آموخته برای رفع نیاز کشور تربیت نمود، از کسانی که در تأسیس آن همت گماشتند می توان میرزا نصراله خان(مشیرالدوله) وزیر وقت امور خارجه و رؤسای دوره های پیش از تعطیلی و بسیار کوتاه به ترتیب مهندس زاهدی (مقوم الملک)، مرتضی قلی سپانلو، نصراله خان (جلیل الملک) و احسن الدوله را نام برد. مدرسه فلاحت مظفری در شش سال فعالیت خود با وجود کمبود ها و نارسایی های آموزشی آن دوران توانست در ایجاد کشاورزی نوین و رواج آن در کشور موفقیت هایی به دست آورد، اما این مدرسه متأسفانه در زمان محمدعلی شاه در اثر بی توجهی زمامداران کشور در سال 1285 خورشیدی منحل و کشور به مدت به مدت 11 سال ( تا سال 1296 خورشیدی) از داشتن هرگونه مؤسسه ای در زمینه علوم کشاورزی محروم بود. (برگرفته از سالنامه مؤسسه علمی فلاحتی کرج، سال یکم 1316-1315، تاریخچه دانشکده فلاحت)