این دانشکده هم اکنون دارای چهار گروه آموزشی زراعت و اصلاح نباتات، علوم دامی، علوم باغبانی و گیاه پزشکی است.
گروه آموزشی زراعت و اصلاح نباتات
در شماره پنجم مجله فلاحت به تاریخ تیرماه 1310 خورشیدی، مقاله ای به قلم جمشید دَوَلو (وی داماد خاندان قاجاری است) ناظم و معلم مدرسه فلاحت در زمینه اصلاح گیاهان زراعی درج شده است، زراعت و اصلاح نباتات یکی از مهم ترین رشته های علوم کشاورزی و منابع طبیعی است که در گذشته با نام های مختلف مانند کشاورزی عمومی، زراعت، علوم زراعی، علوم گیاهی و آگرونومی نامیده شده است. پس از انقلاب اسلامی ایران نام این رشته در سطح کشور به زراعت و اصلاح نباتات تغییر یافت.
تدریس برخی از درس های رشته زراعت از بدو تأسیس در مدرسه فلاحت مظفری و مدرسه علمی فلاحتی انجام می شده و سپس در مدرسه عالی فلاحت با عنوان های فلاحت عمومی، فلاحت خصوصی و در نخستین سال های تشکیل دانشکده کشاورزی دانشگاه تهران، با عنوان، اصلاح نژاد گیاهان تدریس می شده است. گویا نخستین معلم زراعت مرحوم مصطفی قلی بیات بوده است. داشر بلژیکی و مرحوم فاتح نیز زراعت تدریس می کرده اند. آنان مقاله هایی در زمینه زراع نباتات در فلاحت مظفری دارند. دانشگاه تهران در سال 1334 رشته زراعت و اصلاح نباتات را ایجاد کرد. به نظر می¬رسد گروه زراعت و اصلاح نباتات دانشگاه تهران قدیمی ترین و بزرگ‌ترین گروه با این نام در ایران باشد. پیشینه آموزش علمی این گروه به ایجاد دبستان برزگران در سال 1296 شمسی بازمی گردد. منصور عطانی نیز زراعت تدریس کرده است، وی در این خصوص تالیفاتی دارد.
در سال 1347 دوره کارشناسی ارشد زراعت و کارشناسی ارشد اصلاح نباتات راه اندازی شد. با گسترش امکانات و فعالیت آموزشی و پژوهشی، گروه زراعت و اصلاح نباتات در سال 1372 موفق به ایجاد دوره دکتری اصلاح نباتات با دو گرایش ژنتیک بیومتری و ژنتیک مولکولی شد. دوره دکتری زراعت نیز با دو گرایش فیزیولوژی و اکولوژی در سال 1376 به تصویب شورای عالی برنامه ریزی رسید. در سال 1377 رشته های بیوتکنولوژی کشاورزی و شناسایی و مبارزه با علف های هرز در مقطع کارشناسی ارشد در گروه دایر شدند. همچنین در سال 1384 رشته علوم علف های هرز در مقطع دکتری و رشته علوم تکنولوژی بذر در مقطع کارشناسی ارشد راه اندازی شد.
گروه آموزشی علوم دامی
درس های دامپروری و دامداری را به علت اهمیت ویژه ای که همیشه داشته اند از زمان تأسیس مدرسه فلاحت مظفری و در پی آن دبستان برزگران از سال 1279 ه. ش. در برنامه های آموزشی گنجانیده بودند. در برنامه های آموزشی مدرسه فلاحت و صنایع روستایی هم درس های پرورش حیوانات اهلی و تغذیه حیوانات تدریس می شده است. در اساسنامه دانشکده کشاورزی مصوب 1319 ه. ش. نیز درس هایی با عنوان حیوان داری و تغذیه حیوانات، برای تدریس منظور شده بود. رشته دامپروری در دانشکده کشاورزی دانشگاه تهران در سال 1340 در سطح کارشناسی ارشد پیوسته چهارساله دایر شد. آموزش دامپروری در سال 1324 در دانشکده کشاورزی آغاز شد تا اینکه در سال 1334 «واحد دامداری» دانشکده بنیاد نهاده شد. در سال 1335 گرایش دامپروری در دوره کارشناسی رشته کشاورزی عمومی راه اندازی شد، در پی آن در سال 1340 این گرایش به رشته دامپروری در مقطع کارشناسی ارشد پیوسته چهار ساله تبدیل شد و در سال 1342 گروه دامپروری به‌عنوان یکی از گروه های دانشکده کشاورزی به رسمیت شناخته شد. مقطع کارشناسی ارشد علوم دامی در دانشگاه تهران برای نخستین بار در سال 1362 به‌صورت ناپیوسته و دوره های دکتری در سال 1373 در رشته تغذیه دام. در سال 1380 در رشته اصلاح نژاد دام و در سال 1383 در رشته فیزیولوژی دام راه اندازی شدند.
رشته دامپروری در مقطع کارشناسی ارشد با گرایش های تغذیه، ژنتیک و اصلاح نژاد دام، فیزیولوژی، مدیریت واحدهای دامپروری و زنبور عسل، زمینه تربیت کارشناسان ارشد با گرایش های تخصصی برای جذب در مراکز پژوهشی و آموزشی و واحدهای اجرایی و تولیدی کشور را فراهم می نماید. در مقطع دکتری پذیرفته شدگان می توانند در رشته های تغذیه با گرایش های دام و طیور، فیزیولوژی با گرایش‌های تولیدمثل، رشد، گوارش و ... و ژنتیک و اصلاح دام با گرایش های ژنتیک مولکولی تحصیلات خود را ادامه داده و پس از گذراندن مراحل آموزشی و پژوهشی به‌عنوان متخصص در مراکز آموزشی و پژوهشی کشور به‌عنوان هیئت علمی در امور آموزشی و پژوهشی کار تخصصی خود را دنبال نمایند.
گروه آموزشی مهندسی علوم باغبانی و فضای سبز
رشته باغبانی در ایران در سال 1334 برای نخستین بار در دانشکده کشاورزی دانشگاه تهران با 7 نفر دانشجو در گروه باغبانی آغاز به کار کرد. پیشینه تدریس باغبانی به زمان فعالیت دبستان برزگران مربوط می شود که در آن زمان با عنوان «غرس و پرورش اشجار مثمر» تدریس می شده و در مدرسه عالی فلاحت نیز با نام کلی «باغبانی» درس های درختکاری و سبزی‌کاری تدریس می شده است. این گروه در سال 1347 در مقطع کارشناسی ارشد و در سال 1375 در مقطع دکتری نیز اقدام به پذیرش دانشجو کرد. رشته های علوم باغبانی مجموعه ای از علوم و فنون در زمینه های فیزیولوژی گیاهی، اصلاح ژنتیکی گیاهان به روش سنتی و بیوتکنولوژی، بهبود و استفاده از روش های نوین میوه کاری، سبزی کاری، گل‌کاری و کشت و صنعت گیاهان دارویی است. دانش آموختگان رشته علوم باغبانی می توانند به‌عنوان تولیدکننده و یا شاغل در مجتمع‌های کشت و صنعت، شرکت های پرورش گل و گیاه، اداره ها، سازمان ها و مراکز ترویجی اجرایی کشاورزی کشور مشغول به کار شوند. همچنین مهندسی علوم باغبانی و فضای سبز می توانند در طرح های مهندسی فضای سبز و طراحی باغ و پارک و... نقش فعالی داشته باشند.
گروه آموزشی گیاه پزشکی
عنوان گیاه پزشکی در علوم کشاورزی ایران واژه جدیدی است که از سال 1342، به ویژه در دانشگاه ها و مؤسسات آموزش عالی جانشین دفع آفات و حفاظت گیاهان شده است.تدریس دفع آفات از سال 1301 در مدرسه فلاحت در زمان فاتح آغاز شد. بررسی برنامه های آموزشی نخستین مدرسه کشاورزی ایران یعنی مدرسه فلاحت مظفری نشان می دهد که از بدو تأسیس این مدرسه 1279 تا 1306 هیچ یک از درس های گیاه پزشکی به‌طور مستمر تدریس نمی شده است و به احتمال زیاد مواد درسی این رشته در قالب دیگر درس های کشاورزی ارائه می شده است.
تدریس درس های حشره شناسی و دفع آفات و جانورشناسی از سال 1306 به وسیله مرحوم دکتر جلال افشار در مدرسه عالی فلاحت و صنایع روستایی آغاز شد. درس بیماری های گیاهی که امروزه جزء درس های گیاه پزشکی است به وسیله مهندس تاجبخش در این مدرسه تدریس می شده است. تدریس بیمار های گیاهی از سال 1312 تا 1318 به وسیله مهندس فرشی و از سال 1319- 1324 به‌وسیله دکتر اسفندیاری انجام می شده است. تدریس درس های دفع آفات در مدرسه عالی فلاحت از سال 1314 به عهده مرحوم دکتر دواچی گذاشته شد و آموزش جانورشناسی و حشره شناسی همچنان به عهده جلال افشار بود و این روال تا سال 1334 که دوره تحصیل در دانشکده کشاورزی 3 سال بود، ادامه داشته است.
در سال 1333 دوره تخصصی یک ساله دفع آفات گیاهی به وجود آمد که به دانش آموختگان این دوره مدرک فوق‌لیسانس اعطا می شد. مقطع فوق‌لیسانس پیوسته چهار ساله از مهرماه 1334 در دانشکده کشاورزی دانشگاه تهران ایجاد شد. در سال 1352 رشته گیاه پزشکی شامل دو رشته حشره شناسی کشاورزی و بیماری شناسی گیاهی بود که این روش همچنان تا به امروز ادامه دارد. دوره دکتری گیاه پزشکی در سال 1352 در دانشکده کشاورزی دانشگاه تهران برای نخستین بار ایجاد شد که در دو رشته حشره شناسی کشاورزی و بیماری شناسی گیاهی فعالیت می کند. موزه جانورشناسی نیز از زیرمجموعه‌های این گروه است که به آن اشاره خواهد شد.